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　　西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰，一邊向銀河的中心航行！　　而在西曆2046年。在戰爭的一角，本篇故事開始了……　

2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。

故事讲述在不久的将来，太阳已经变得有毒，人们无法在白天离开家，正常的生活大多在虚拟环境中进行。 在这种反乌托邦背景下，一个垂死的人寻求确保家人的未来幸福，同时应对在这个新现实中成为人的意义。